Uzgoj životinja po principima organske proizvodnje zahteva poštovanje pravila i zakonskih odredbi. Prelaz sa konvencionalne na organsku stočarsku proizvodnju podrazumeva period konverzije, a dužina ovog perioda zavisi od životinjske vrste.
Uzgoj životinja u organskoj proizvodnji od početka treba da bude integrisan, što podrazumeva da majka i mladunče treba da ostanu na istom gazdinstvu. Period prelaska, navodi agronom Neđeljko Pipović, treba da bude najmanje: Dvanaest meseci za konje i goveda namenjena za proizvodnju mesa; Šest meseci za male preživare; Četiri meseca za svinje; Tri meseca za životinje za proizvodnju mleka; Deset sedmica za perad za proizvodnju mesa, pod uslovom da su pri nabavci bila mlađa od tri dana; Šest sedmica za perad za proizvodnju jaja. U periodu konverzije životinje i životinjski proizvodi se mogu prodavati jedino sa oznakom u “prelasku” ili na konvencionalnom tržištu. Paralelna proizvodnja može biti dozvoljena uz odobrenje sertifikacionog programa pod uslovima da se proizvodnja odvija na način koji omogućava permanentnu jasnu razdvojenost cele proizvodnje (i proizvoda).
Za ishranu životinja koriste se isključivo hraniva organskog porekla. Hrana za životinje obezbeđuje se po pravilu, sa sopstvene proizvodne jedinice, a kada to nije moguće, koristi se hrana sa drugih proizvodnih jedinica organske proizvodnje, ističe Pipović. Napasanje životinja je vrlo važno u organskoj stočarskoj proizvodnji. Pri napasanju životinje se kreću, pa povećavaju svoju konstituciju i kondiciju i eliminišu stres koji je jedan od uzroka pojave bolesti. Ishrana na organskim farmama treba da bude bazirana na napasanju kvalitetnom zelenom hranom ili silažom, pri čemu većina suve materije u dnevnom obroku životinja treba da potiče od voluminozne sveže, suve ili silirane hrane. Za mlade životinje ishrana prirodnim mlekom putem sisanja treba da iznosi najmanje tri meseca za goveda i konje a za ovce, koze i svinje najmanje 45 dana. Upotreba mleka u prahu za prihranjivanje mladih životinja nije dozvoljena, naglašava Pipović, i dodaje da je u ishrani organskog uzgoja životinja strogo je zabranjeno korištenje GMO hrane, aditiva, konzervanasa i otpada iz klanica. Životinjama treba obezbediti pristup svežoj vodi i hrani u svako doba dana, kad god žele, što je obaveza odgajivača.
Princip organske poljoprivrede je da se obezbede zdrave životinje na osnovu prevencije, odabira životinja koje su prikladne za prirodne uslove, pružanja dobre stočarske prakse, umerene ishrane orjentisane gentskom potencijalu i odgovrajućim uslovima smeštaja i opšte dobrobiti za životinje. U slučaju da se životinja razboli i da joj je potrebna terapija, prirodni proizvodi se koriste pre upotrebe medecinskih proizvoda, što znači da u organskoj proizvodnji farmeri treba da preduzmu sve preventivne mere koje treba da osguraju dobro zdravlje i dobrobit životinja. Glavni preduslovi za izbegavanje velikog broja oboljenja poznatih kao štalske bolesti su slobodno kretanje životinja koje doprinosi da se održi dobra fizička kondicija, prirodna otpornost, smanjenje stresa. Upotreba hemijskih sintetizovanih veterinarskih lekova nije dozvoljena u organskoj proizvodnji. Lečenje hemijskim lekovima može biti dozvoljeno samo u slučajevima ukoliko je neophodno da se izbegne stradanje životinja. Posle aplikacije hemijskih sintetizovanih lekova period karence će biti udvostručen u odnosu na period koji je zakonski propisan. Ukoliko se hemijski veterinarski lek upotrebi više od dva puta u godini, životinja i proizvodi dobijeni od nje moraju biti označeni kao konvencionalni i odstranjeni iz organskog procesa proizvodnje.
Zabranjeno u organskom stočarstvu: Preventivni hemijski preparati protiv parazita; Upotreba supstanci za stimulisanje rasta ili proizvodnje (uključujući antibiotike i kokcidiostatike); Upotreba hormona i drugih supstanci za kontrolisanje reprodukcije. Veštačko osemenjavanje u organskoj proizvodnji je dozvoljeno ali se prednost daje prirodnom osemenjavanju. Vakcinisanje je dozvoljeno kada endemične bolesti ne mogu biti kontrolisane drugim upravljačkim tehnikama, zaključuje savetodavac PSSS Pipović.