Kao posledica promena u fiziološkim procesima paradajza javljaju se fiziološki poremećaji koji neretko dovode do trajnog oštećenja plodova.
Fiziološki poremećaji paradajza nisu posledica dejstva patogenih organizama, već su nastali zbog promena u fiziološkim procesima same biljke. Kod paradajza i ostalog plodovitog povrća najčešći fiziološki poremećaj je vršna trulež plodova, pucanje plodova, poremećaj u rastu – tzv. mačije lice, trake plutastog tkiva na pokožici ploda i ožegotine od sunca.
Vršna trulež plodova je veliki problem u proizvodnji, to je trajno oštećenje, tako da plodovi nemaju tržišnu vrednost. Simptomi vršne truleži slični su simptomima napada prouzrokovača plamenjače. Razlika je u tome što vršna trulež kreće isključivo sa vrha plodova, dok infekcija od plamenjače zahvata i deo oko peteljke. iogeni element koji ima značajnu ulogu u pojavi vršne truleži je kalcijum. Neophodan je za pravilan rast i razvoj korena i nadzemnog dela biljke i razvoj i poboljšanje kvaliteta plodova. Kalcijum indirektno, pozitivnim uticajem na metabolizam kalijuma, uključen je i u povećanu otpornost paradajza na nedostatak vode. Kritični period pojave vršne truleži je vreme intenzivnog porasta plodova, oko 10 do 14 dana posle oplodnje. Da bi biljke bile dobro snabdevene ovim elementom preporučuje se upotreba kalcijumnitrata kroz sistem fertirigacije. Folijarna primena kalcijuma ima pozitivan uticaj samo u početnim fazama razvoja plodova.
Kada je u pitanju pucanje plodova kod paradajza se razlikuju dva tipa: radijalno i koncentrično pucanje. Radijalno je posledica padavina, odnosno natapanja posle izraženo suvog perioda. Koncentrično pucanje je posledica zadržavanja vode na plodovima i njihovog izlaganja direktnim sunčevim zracima. Kod ovog fiziološkog poremećaja plod je potpuno deformisan i više nema tržišnu vrednost. Ova promena je posledica temperaturnog šoka tokom cvetanja i oplodnje. Niske dnevne temperature u vreme cvetanja (15-18 ºC), kao i niske noćne (10-15 °C) su kritične za pojavu ovih deformacija. Gajenjem paradajza u zaštićenom prostoru i kontrolom temperature u vreme cvetanja, znatno se smanjuje mogućnost nastanka deformisanih plodova. Takođe, postoje razlike između sorti i hibrida prema sklonosti ka ovoj pojavi.
Uzdužne trake plutastog tkiva na pokožici čine manju štetu. Uzroci nastanka deformacije nisu u potpunosti objašnjeni i različiti su u zavisnosti od hibrida i sorti paradajza.
